Fuxi et Yu sont censés avoir reçu leur inspiration d'hexagrammes dessinés sur une tortue ou un cheval (Fuxi, image du Fleuve jaune) et d’un livre porté par une tortue (Yu, livre de la Luo).
L’avènement de la dynastie Shang fut l’occasion d’une nouvelle lecture des hexagrammes concrétisée dans le deuxième livre des mutations, le Gui Cang歸藏 (retour et engrangement) débutant par l’hexagramme terre (坤, kūn), que le nom du livre évoque.
Lors du règne du dernier des Shang, le roi Wen de Zhou tira les hexagrammes et aboutit à un classement qui mettait l'hexagramme ciel (乾, qián) en tête : c’était l’annonce d’un changement dynastique. Il rédigea une explication pour chaquehexagramme, les guaci (卦辭). Zhou Gong, frère du roi Wu, acheva l’ouvrage en rédigeant les yaoci (爻辭), explications ligne par ligne des différents hexagrammes. Le Yi Jing est le troisième et le seul restant des livres des mutations cités par le Zhouli, les deux premiers avaient déjà disparu sous les Han.
On attribue à Confucius de la période des Printemps et des Automnes le commentaire Shiyi (十翼) (dix ailes), aussi appelé Yizhuan(易傳) (« commentaire du Yi Jing ») à partir de Han Wudi. Le Yi Jing et le Shiyi, inséparables en Chine, forment le Zhou Yi (周易) . Il a fait l’objet de nombreux commentaires secondaires, que l’on peut ranger en deux grandes catégories : philosophiques (ex:Wang Bi, Cheng Yi (程頤) 1033-1107) et pratiques (ex : Jing Fang (京房) des Han occidentaux, Shao Yong (邵雍) 1011-1077).
Le Zhou Yi aurait échappé à l’autodafé ordonné par Qin Shihuang grâce à Li Si qui l’aurait classé par ruse dans les livres de médecine et de divination. Cette explication, qui cherche à atténuer son aspect utilitaire, représente l’opinion des lettrés voulant avant tout y voir un ouvrage philosophique et confucéen. Le Yi Jing a d'ailleurs été inclus dans les cinq classiques constituant la base de l’éducation des lettrés.
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